중도퇴사자 연말정산 어떻게 할까? 재취업·5월 종합소득세 신고방법 총정리

회사를 다니다 연도 중간에 퇴사하면 가장 헷갈리는 것이 연말정산을 어떻게 해야 하는지입니다.

12월까지 계속 근무했다면 다음 해 회사에서 연말정산을 하면 되지만, 중도퇴사자는 상황이 조금 다릅니다.

특히 퇴사 후 같은 해에 다른 회사로 재취업했는지, 아니면 연말까지 취업하지 않았는지에 따라 처리방법이 달라집니다.

결론부터 간단히 정리하면 다음과 같습니다.

퇴사 후 같은 해 재취업 → 새 회사에서 전 직장 소득까지 합쳐 연말정산

퇴사 후 연말까지 미취업 → 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 누락된 공제를 반영

국세청은 근로자가 중도퇴직하는 경우 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 중도퇴사 연말정산을 실시하도록 안내하고 있습니다.

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중도퇴사자도 연말정산을 하나요?

네.

중도퇴사자 역시 퇴사할 때 회사에서 한 번 연말정산을 합니다.

예를 들어 2026년 8월에 퇴사했다면 전 직장은 마지막 급여 등을 지급하면서 2026년 1월부터 퇴사 시점까지 지급한 급여를 기준으로 세금을 정산합니다.

문제는 이때입니다.

일반적인 연말정산은 다음 해 1월에 연말정산 간소화자료를 확인하면서

• 의료비
• 보험료
• 교육비
• 신용카드 사용액
• 월세
• 기부금
• 연금계좌

등을 추가로 제출합니다.

하지만 중도퇴사 시점에는 이런 자료가 모두 준비되지 않았을 수 있습니다.

그래서 퇴사하면서 회사에서 연말정산을 했더라도 공제를 충분히 받지 못하는 경우가 많습니다.

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중도퇴사자 연말정산은 크게 2가지입니다

중도퇴사 후에는 자신의 상황부터 확인해야 합니다.

상황연말정산 방법

같은 해 다른 회사에 재취업	새 회사에서 전 직장 + 현 직장 합산 연말정산
연말까지 재취업하지 않음	다음 해 5월 종합소득세 신고
재취업했지만 전 직장 소득을 합산하지 않음	다음 해 5월 종합소득세 신고 필요
퇴사하면서 공제를 모두 반영함	추가 신고가 필요하지 않을 수도 있음

하나씩 살펴보겠습니다.

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1. 퇴사 후 같은 해 재취업했다면?

같은 해에 다른 회사에 다시 취업했다면 비교적 간단합니다.

새 직장에서 연말정산할 때 전 직장에서 받은 근로소득까지 합산해 연말정산하면 됩니다.

예를 들어

2026년 1월~6월 : A회사 근무
2026년 7월 : 퇴사
2026년 9월~12월 : B회사 근무

했다면 다음 해 연말정산은 B회사에서 진행합니다.

이때 A회사에서 받은 급여도 함께 합산해야 합니다.

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전 직장 원천징수영수증이 필요합니다

재취업했다면 전 직장에서 발급받은

근로소득 원천징수영수증

을 새로운 회사에 제출하는 것이 일반적입니다.

원천징수영수증에는

• 총급여
• 과세대상 급여
• 비과세 금액
• 소득세
• 지방소득세
• 4대보험료
• 각종 공제내역

등이 표시됩니다.

새 회사에서는 이를 현재 직장의 급여와 합산해 해당 연도의 전체 근로소득을 기준으로 연말정산합니다.

국세청은 연말정산 결과를 원천징수의무자가 근로자에게 원천징수영수증을 통해 안내한다고 설명하고 있습니다.

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전 회사 원천징수영수증을 못 받았다면?

전 직장에 요청하면 발급받을 수 있습니다.

또 전 직장에서 근로소득 지급명세서를 국세청에 제출했다면 홈택스에서도 관련 지급내역을 확인할 수 있습니다.

다만 퇴사 직후에는 전 직장에서 아직 지급명세서를 제출하지 않아 홈택스에서 바로 조회되지 않을 수도 있습니다.

이런 경우에는 전 직장 인사·급여 담당자에게 근로소득 원천징수영수증을 요청하는 것이 빠릅니다.

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전 직장 원천징수영수증을 새 회사에 제출하지 않았다면?

이 부분이 중요합니다.

예를 들어

A회사에서 3,000만 원
B회사에서 4,000만 원

을 벌었다고 가정하겠습니다.

B회사에서 A회사 소득을 포함하지 않고 B회사 급여 4,000만 원만 기준으로 연말정산했다면 해당 연도의 전체 근로소득이 제대로 합산되지 않은 것입니다.

이 경우 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 두 회사의 근로소득을 합산해서 신고해야 합니다.

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2. 퇴사 후 재취업하지 않았다면?

중도퇴사 이후 12월 31일까지 다른 회사에 취업하지 않았다면 일반적으로 다음 해 회사에서 다시 연말정산해줄 곳이 없습니다.

이때는 다음 해 5월 종합소득세 신고기간을 이용하면 됩니다.

예를 들어

2026년 8월 퇴사 → 2026년 말까지 미취업

했다면

2027년 5월 종합소득세 신고

를 통해 퇴사할 때 반영하지 못했던 각종 소득공제·세액공제를 추가로 적용할 수 있습니다.

종합소득세는 원칙적으로 해당 소득이 발생한 연도의 다음 해 5월에 신고합니다. 국세청은 통상 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하도록 안내하며, 마지막 날이 토요일·공휴일이면 다음 영업일까지 연장될 수 있습니다.

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퇴사할 때 이미 연말정산했는데 또 해야 하나요?

이 부분에서 많이 혼동합니다.

회사는 중도퇴사자에게 마지막 급여를 지급하면서 기본적인 연말정산을 합니다.

그러나 이때 각종 공제자료가 모두 반영되지 않았다면 다음 해 5월에 다시 신고해서 공제를 받을 수 있습니다.

즉,

중도퇴사 연말정산 = 회사가 우선 정산

5월 종합소득세 신고 = 빠진 공제를 근로자가 추가 정산

이라고 이해하면 쉽습니다.

국세청도 연말정산 때 받지 못한 공제·감면이 있는 경우 종합소득세 신고기간에 이를 추가 반영할 수 있다고 안내하고 있습니다.

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5월 종합소득세 신고하면 환급받을 수도 있을까?

가능합니다.

중도퇴사할 때 회사가 공제를 충분히 반영하지 못했다면 세금을 실제보다 많이 낸 상태일 수 있습니다.

이후 5월 신고에서

의료비
보험료
교육비
기부금
연금계좌
신용카드 사용액
월세 등

요건을 충족하는 공제를 추가하면 결정세액이 감소하면서 환급금이 발생할 수 있습니다.

국세청은 연말정산에서 누락한 공제를 종합소득세 신고로 추가 반영해 환급금이 발생한 경우, 신고기한 후 일정 기간 내 신고서에 적은 본인 명의 계좌로 지급한다고 안내하고 있습니다.

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5월 종합소득세 신고방법

홈택스를 이용하면 직접 신고할 수 있습니다.

기본적인 경로는 다음과 같습니다.

홈택스 로그인

→ 세금신고

→ 종합소득세 신고

→ 근로소득 신고

→ 정기신고

국세청도 연말정산에서 놓친 공제를 추가하는 경우 이 경로를 안내하고 있습니다.

신고 화면에서 자신의 근로소득 자료를 불러온 후 누락된 소득공제와 세액공제 자료를 추가하면 됩니다.

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중도퇴사자 5월 신고 준비자료

미리 다음 자료를 확인해두면 편합니다.

• 근로소득 원천징수영수증
• 연말정산 간소화자료
• 의료비 자료
• 교육비 자료
• 보험료 자료
• 기부금 영수증
• 월세 관련 자료
• 연금저축·IRP 납입자료
• 부양가족 공제자료
• 신용카드·체크카드·현금영수증 사용내역

다만 모든 지출금액이 자동으로 공제되는 것은 아닙니다.

공제별 적용기간과 요건을 확인해야 합니다.

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퇴사 후 사용한 신용카드도 공제될까?

중도퇴사자가 특히 주의해야 할 부분입니다.

일부 공제항목은 근로자로 일했던 기간에 사용한 금액만 공제받을 수 있습니다.

국세청 안내에 따르면 중도입사 또는 중도퇴사 근로자는 주택자금, 신용카드 등 사용금액, 주택마련저축과 보험료·의료비·교육비 등 일부 항목은 근로제공기간에 지출한 금액을 기준으로 공제하게 됩니다.

예를 들어

2026년 1월 1일~8월 31일 근무
9월 1일부터 미취업

이라면 신용카드 사용액 등 일부 항목은 원칙적으로 1월~8월 근로기간에 지출한 금액을 중심으로 확인해야 합니다.

퇴사 후 9월~12월에 사용한 금액까지 모두 공제대상이라고 생각하면 안 됩니다.

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의료비·교육비·보험료는?

보험료·의료비·교육비 같은 특별세액공제도 중도퇴사자라면 기본적으로 근로를 제공한 기간 동안 지출한 비용을 기준으로 합니다.

국세청은 과세기간 중 중도취업 또는 중도퇴사자의 특별세액공제는 원칙적으로 근로제공기간 지출액에 한한다고 안내하고 있습니다.

따라서 연말정산 간소화에서 1년치 자료가 조회되더라도 중도퇴사자는 실제 공제 가능한 기간을 구분해서 확인해야 합니다.

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기부금은 어떻게 될까?

기부금은 다른 항목과 다르게 취급되는 부분이 있습니다.

국세청 안내상 중도취업·중도퇴사자의 특별세액공제에서 근로제공기간 제한을 설명하면서 기부금은 예외로 안내하고 있습니다.

따라서 단순히 “퇴사 후 냈으니 무조건 공제가 안 된다”고 판단하기보다는 기부금 종류와 공제요건을 확인해 신고하는 것이 좋습니다.

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예시로 보는 중도퇴사자 연말정산

사례 1. 6월 퇴사 후 9월 재취업

A회사

1월~6월 근무

B회사

9월~12월 근무

이 경우 B회사에서 연말정산할 때 A회사의 근로소득 원천징수영수증을 제출합니다.

그리고 두 회사 급여를 모두 합쳐 연말정산합니다.

→ 새 회사에서 합산 연말정산

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사례 2. 8월 퇴사 후 계속 미취업

2026년 1월~8월 근무
2026년 9월~12월 미취업

퇴사할 때 회사에서 중도퇴사 연말정산을 합니다.

그러나 의료비나 신용카드 등 각종 공제를 제대로 반영하지 못했다면

→ 2027년 5월 종합소득세 신고

를 통해 추가 공제를 반영합니다.

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사례 3. 재취업했지만 전 직장 소득을 제출하지 않음

A회사

1월~5월 근무

B회사

7월~12월 근무

그런데 B회사 연말정산 때 A회사 원천징수영수증을 제출하지 않았다면 B회사 소득만으로 연말정산됐을 수 있습니다.

이 경우

→ 다음 해 5월 A회사+B회사 근로소득 합산 신고

가 필요할 수 있습니다.

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퇴사했는데 세금을 환급받은 이유는?

퇴직할 때 마지막 급여가 평소보다 많게 입금되는 경우도 있습니다.

중도퇴사 연말정산 결과 이미 월급에서 원천징수했던 세금이 실제 부담해야 할 세금보다 많으면 차액을 돌려받기 때문입니다.

예를 들어 매월 소득세를 10만 원씩 냈더라도 연간 실제 소득이 줄어들면서 최종 결정세액이 낮아질 수 있습니다.

따라서 퇴사 마지막 급여명세서를 보면

소득세가 마이너스(-)

형태로 표시되거나 환급액이 포함되는 경우가 있습니다.

반대로 세금을 덜 냈다면 마지막 급여에서 추가로 징수될 수도 있습니다.

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소득이 적으면 신고할 필요가 없을까?

중도퇴사자의 총급여가 적고 퇴사할 때 이미 납부했던 세금을 전액 환급받았다면 추가 공제를 신고해도 돌려받을 세금이 없을 수 있습니다.

세액공제는 기본적으로 자신이 부담해야 할 세금을 줄이는 구조이기 때문에 이미 결정세액이 0원이라면 추가 공제를 적용해도 환급액이 더 늘어나지 않는 경우가 있습니다.

따라서 먼저 근로소득 원천징수영수증의 결정세액을 확인해보는 것이 좋습니다.

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원천징수영수증에서 무엇을 확인할까?

근로소득 원천징수영수증에서 특히 다음 항목을 확인하면 됩니다.

총급여

해당 회사에서 받은 과세대상 급여입니다.

결정세액

최종적으로 부담해야 할 소득세입니다.

기납부세액

회사에서 매월 월급에서 미리 원천징수한 세금입니다.

차감징수세액

추가로 납부하거나 돌려받은 금액을 확인할 수 있습니다.

결정세액이 이미 0원이라면 추가 공제를 받아도 소득세 환급이 더 발생하지 않을 가능성이 큽니다.

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5월 종합소득세 신고를 안 하면 어떻게 될까?

상황에 따라 다릅니다.

중도퇴사 후 다른 소득이 없고 회사에서 세금 정산까지 정확하게 끝났으며 추가로 받을 공제도 없다면 별도로 신고하지 않아도 되는 경우가 있습니다.

반면

여러 회사에서 근로소득을 받았는데 합산 연말정산을 하지 않았거나

사업소득·기타소득 등 다른 종합소득이 있는 경우에는 종합소득세 신고 의무 여부를 반드시 확인해야 합니다.

특히 두 회사 이상의 근로소득이 있는데 최종 회사에서 전 직장 급여를 합산하지 않았다면 그냥 넘어가지 않는 것이 좋습니다.

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5월 신고를 놓쳤다면?

5월 신고기간이 지났다고 해서 무조건 끝나는 것은 아닙니다.

세금을 추가로 내야 하는 상황이라면 기한후신고 등을 검토해야 하고, 누락된 공제로 환급을 받아야 하는 경우에는 요건에 따라 경정청구를 검토할 수 있습니다.

다만 신고 종류와 기간에 따라 처리방법이 달라지므로 홈택스 또는 국세상담센터를 통해 자신의 상황을 확인하는 것이 좋습니다.

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중도퇴사자 연말정산 핵심 정리

가장 쉽게 정리하면 다음과 같습니다.

퇴사 후 같은 해 재취업

전 직장 근로소득 원천징수영수증을 새 회사에 제출

→ 새 회사에서 전·현 직장 소득을 합쳐 연말정산

퇴사 후 연말까지 미취업

퇴사할 때 회사에서 중도퇴사 연말정산

→ 빠진 공제가 있다면 다음 해 5월 종합소득세 신고

재취업했지만 전 직장 소득 미합산

→ 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 합산

이 세 가지를 기억하면 대부분의 중도퇴사자 연말정산 문제를 해결할 수 있습니다.

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FAQ

Q. 중도퇴사자는 연말정산을 안 하나요?

아닙니다.

회사가 퇴사하는 달의 근로소득을 지급할 때 중도퇴사 연말정산을 실시합니다.

다만 각종 공제가 충분히 반영되지 않을 수 있어 추후 재취업한 회사에서 다시 합산 정산하거나 다음 해 5월 종합소득세 신고를 이용할 수 있습니다.

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Q. 퇴사 후 바로 재취업하면 어떻게 하나요?

새 회사 연말정산 때 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 제출하면 됩니다.

전 직장과 현 직장 급여를 합산해 연말정산하는 방식입니다.

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Q. 퇴사 후 취업하지 않았다면 연말정산은 누가 해주나요?

퇴사 시점에는 전 직장에서 중도퇴사 연말정산을 합니다.

이후 연말까지 재취업하지 않았다면 누락된 공제는 다음 해 5월 본인이 종합소득세 신고를 통해 반영할 수 있습니다.

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Q. 중도퇴사 후 5월 신고하면 돈을 돌려받을 수 있나요?

가능합니다.

퇴사 당시 반영하지 못한 소득공제나 세액공제를 추가 적용했을 때 실제 결정세액이 줄어들면 환급금이 발생할 수 있습니다.

국세청도 연말정산에서 놓친 공제·감면은 종합소득세 신고기간에 추가로 반영할 수 있다고 안내하고 있습니다.

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Q. 퇴사 후 사용한 신용카드도 전부 공제되나요?

그렇지 않을 수 있습니다.

신용카드 사용금액 등 일부 공제는 근로제공기간에 사용한 금액만 공제 대상이 됩니다.

따라서 중도퇴사자는 1년 전체 사용금액을 무조건 입력하면 안 됩니다.

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Q. 2026년에 퇴사했으면 언제 신고하나요?

2026년 퇴직 후 연말까지 재취업하지 않아 추가 공제를 직접 반영해야 한다면 2027년 5월 종합소득세 신고를 확인하면 됩니다.

단, 신고기한은 해당 연도 달력과 국세청 공지를 확인하는 것이 좋습니다.

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요약

중도퇴사자도 퇴사하는 달에 회사에서 연말정산을 합니다.

하지만 퇴사 당시에는 연말정산 간소화자료가 충분히 준비되지 않아 의료비·교육비·보험료·신용카드 등 각종 공제가 빠질 수 있습니다.

퇴사 후 같은 해 다른 회사에 재취업했다면 전 직장의 근로소득 원천징수영수증을 새 회사에 제출해 소득을 합산한 후 연말정산하면 됩니다.

반면 연말까지 재취업하지 않았다면 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 누락된 공제를 추가할 수 있습니다.

특히

재취업 → 새 회사에서 합산 연말정산

미취업 → 다음 해 5월 종합소득세 신고

재취업했지만 전 직장 소득 미합산 → 다음 해 5월 합산 신고

라고 기억하면 이해하기 쉽습니다.

또한 중도퇴사자는 신용카드, 의료비, 교육비, 보험료 등 일부 항목에서 근로기간 동안 지출한 금액만 공제되는 경우가 있으므로 1년 전체 간소화자료를 그대로 반영하지 않도록 주의해야 합니다.

 

※ 참조사항

• 본문은 2026년 9월 기준 국세청 안내를 바탕으로 작성했습니다.
• 실제 신고 여부와 환급액은 근무기간, 총급여, 다른 소득 유무, 공제항목 등에 따라 달라질 수 있습니다.
• 2026년에 중도퇴사한 경우 다음 해 신고는 2027년 종합소득세 신고일정을 기준으로 확인해야 합니다.
• 사업소득·기타소득·금융소득 등이 함께 있는 경우 신고방법이 달라질 수 있습니다.
• 최종 신고 전 홈택스 자료와 근로소득 원천징수영수증을 확인하는 것이 좋습니다.